药学院始建于2001年9月，下设药理学、临床药理学、药剂学、生物制药学、有机化学、无机化学与物理化学、药物化学与天然药物化学、药物分析与分析化学、医用物理学9个教研室，1个国家级药学实验中心，1个国家级药学实践教育基地。学院本科设有两个专业：药学专业和临床药学专业。药学专业为教育部一类特色专业，临床药学专业为我国医学院校首家设置专业。

      学院现为药学一级学科博士点，药学博士后科研流动站，药理学科为国家重点学科。药理学教研室被评为国家级优秀教学团队。拥有省部共建教育部重点实验室、省部共建生物医药重点实验室孵化基地、国家发改委—地方联合工程实验室等重点实验室，哈尔滨医科大学心血管研究所、哈尔滨医科大学心血管药物研究所、哈尔滨医科大学—哈药集团生物医药工程研发中心。现在岗教职工105人，教授30人，副教授25人，讲师25人，助教2人，其中博士研究生导师16人，硕士研究生导师35人。在读博士研究生55人，硕士研究生313人，本科学生1018人。教师队伍中有多位具有国际影响力的学者，包括美国、澳大利亚、日本和俄罗斯著名大学的客座教授、荣誉博士；国家一级学会副理事长、国家二级学会主任委员各1人；中国工程院院士、973首席科学家、百千万人才工程入选者、长江学者、青年长江学者、国家教学名师、全国百篇优博、十佳全国优秀科技工作者各1人、全国优秀科技工作者各1人；教育部新世纪优秀人才、省杰青各3人，龙江学者4人。

      学院为教育部和卫生部规划教材主编单位，《药理学》、《临床药理学》等八部教材为普通高等教育“十二五”规划国家级教材；国家级精品课1门（药理学），国家双语教学示范课程1门（药理学），学院共获得科研课题资助项目368项，其中包括杨宝峰教授以首席科学家身份领衔的“973”计划项目、“973”前期专项、国家重大新药创制项目、国家自然科学基金项目及省部级各类科研项目；获国家自然科学二等奖、教育部自然科学奖一等奖、省政府一等奖等各类科研奖励55项；申报发明专利46项，已授权20项；共发表SCI收录论文351篇（影响因子最高为28.9）。

      历经十六年的发展，学院在抓好教学、科研和管理的基础上，不断扩大对外交流，强化党的建设、思想政治工作和精神文明建设,取得了巨大成绩!“雄关漫道真如铁，而今迈步从头越！”在未来的发展中，学院坚持以“政治坚定，技术优良”为人才培养目标，秉承“木直中绳，博学载医”的校训，以教学为中心，以科研为基础，以产业开发求发展的办院原则，全院上下同心同德，艰苦创业，为把我院建设成为集教学、科研、产业开发为一体的现代化药学院而努力奋斗!